เป็นการปลูกที่ต้องลงทุนสูงอยู่พอสมควร เพราะต้องสร้างโรงเรือนและการทำมุ้งตาข่ายป้องกันแมลงทั้ง โรงเรือน เพื่อป้องกัน การถูกรบกวนจากโรค และแมลง การปลูกในลักษณะนี้จะไม่ใช้ดิน การปลูกเมล่อนปลอดสารพิษแบบโรงเรือนปิด มีมุ้งป้องกันแมลงนับเป็นอีกหนึ่งแนว ทางของการปลูกแบบเกษตรอินทรีย์หรือการปลูกแบบไร้ดิน เป็นการปลูกที่ต้องลงทุนสูงอยู่พอสมควร เพราะต้องสร้างโรงเรือนและการทำมุ้งตาข่ายป้องกันแมลงทั้ง โรงเรือน เพื่อป้องกัน การถูกรบกวนจากโรค และแมลง การปลูกในลักษณะนี้จะไม่ใช้ดิน แต่จะใช้ขุยมะพร้าวแทน เพื่อเป็นตัวยึดรากของเมล่อน โดยเป็นขุยมะพร้าวที่ผ่านการนึ่งไอน้ำหรือทำการ ฆ่าเชื้อราแล้ว จากนั้นเพาะเมล็ดเมล่อนจนได้อายุประมาณ 10 วัน หรือเริ่มเจริญเติบโตเป็นต้น จึงย้ายไปปลูกในโรงเรือนโปร่งแสง พร้อมทำหลักให้ยอดและลำต้นตั้งตรง โดยใช้เชือกผูกส่วนยอดโยงยึดไว้กับโครงด้านบนของโรงเรือน กระทั่งลำต้นเจริญเติบโต ให้เด็ดแขนงและใบบางส่วนทิ้ง เหลือไว้เพียง 12-14 แขนงเท่านั้น เพื่อไม่ให้แย่งอาหารกัน และเป็นสัดส่วนที่เหมาะสมสำหรับการเจริญเติบโตและให้ผลผลิต การให้น้ำทำได้ทั้งแบบท่อน้ำหยดและการรดน้ำเป็นฝอยฝักบัวรดน้ำ ไม่ควรให้น้ำแบบสปริงเกลอร์ เพราะจะทำให้โดนใบของเมล่อนทำให้เกิดโรคเชื้อราได้ง่าย และไม่ให้น้ำไปโดนที่ใบและผลอ่อน หากโดนอาจจะทำให้ขั้วของผลเน่าทำให้หล่นได้ง่าย เมื่อเมล่อนอายุได้ 25-28 วัน ก็จะออกดอก จึงทำการผสมเกสร เนื่องจากเป็นโรงเรือนปิด ไม่สามารถผสมเกสรโดยแมลงตามธรรมชาติได้ ทำโดยการเก็บดอกตัวผู้มาบ่มก่อน เพื่อรอผสมกับดอกตัวเมียที่จะบานในช่วงเช้า หลังจากผสมได้ 1 วัน ถ้าสังเกตเห็นรังไข่ของดอกตัวเมียเริ่มพองตัวแสดงว่าผสมติด เมล่อนก็ออกจั่นเป็นลูก เล็ก ๆ จากนั้นจะใช้เวลาประมาณ 35-40 วัน ขนาดผลก็จะโตขึ้น ช่วงนี้บำรุงต้นด้วยการใช้ปุ๋ยธาตุอาหารอินทรีย์ จากนั้นสุ่มวัดความหวาน ก่อนเก็บผลผลิต ซึ่งวิธีการปลูกเมล่อนในโรงเรือนนี้สามารถปลูกได้ตลอดทั้งปี ให้ผลผลิตเฉลี่ยโรงเรือนละ 5 ครั้งต่อปี และได้เมล่อนที่มีคุณภาพได้มาตรฐาน ปลอดสารเคมี น้ำหนักผลเฉลี่ยประมาณ 1.7-1.8 กิโลกรัม เนื้อหนา เปลือกบาง รสชาติหวาน มีกลิ่นหอม เป็นที่ต้องการของตลาด ราคาในตลาดเมล่อนโดยเฉลี่ยจะอยู่ที่ผลละประมาณ 85-120 บาท การปลูกด้วยวิธีดังกล่าวอาจจะต้องลงทุนและดูแลบำรุงมากหน่อย แต่เมื่อพิจารณาถึงผลที่พึงได้รับจากการขายก็นับว่าคุ้มอยู่ไม่น้อย ซึ่งปัจจุบันนอกจากตลาดระดับบนภายในประเทศที่นิยมแล้ว ในต่างประเทศเช่น ญี่ปุ่นก็สนใจและสั่งซื้อเมล่อนที่ปลูกระบบนี้จากประเทศไทยกันมากพอควร