หลักการในการทำของเกษตรแบบผสมผสาน คือ ต้องประกอบด้วยกิจกรรมการเกษตร ตั้งแต่ 2 กิจกรรมขึ้นไป อาจเป็นการผสมผสาน ระหว่างพืชกับพืช สัตว์กับสัตว์ หรือสัตว์กับพืช กิจกรรมการผลิตแต่ละชนิด จะต้องเกื้อกูลกัน โดยพิจารณาจากการหมุนเวียนการใช้ประโยชน์เกี่ยวกับอาหาร อากาศ และพลังงาน โดยต้องทำในพื้นที่ และระยะเวลาเดียวกัน ซึ่งกิจกรรมนั้นๆ ควรประกอบไปด้วยการปลูกพืชและการเลี้ยงสัตว์ และสามารถผสมผสานระหว่างการปลูกพืชต่างชนิด หรือการเลี้ยงสัตว์ต่างชนิดกันได้ และมีการเกื้อกูลประโยชน์ระหว่างกิจกรรม เกษตรต่างๆ ก่อให้เกิดประโยชน์สูงสุด และการใช้ประโยชน์จากทรัพยากรในระบบเกษตรนี้ เกิดขึ้นทั้งจากวงจรการใช้แร่ธาตุอาหาร รวมทั้งอากาศ และพลังงาน คือมีการหมุนเวียนใช้ประโยชน์จากมูลสัตว์ให้เป็นประโยชน์กับพืช และใช้เศษพืชเป็นอาหารสัตว์ โดยที่กระบวนการใช้ประโยชน์ จะเป็นไปทั้งโดยตรงหรือโดยอ้อม ทั้งยังใช้แรงงานคนเป็นหลัก โดยเป็นแรงงานที่มีอยู่ภายในครอบครัว ครอบครัวเกษตรกร ต้องมีความใจเย็นและเข้าใจ มีความอดทนมุมานะในการทำกิจกรรมอย่างต่อเนื่องตลอดทั้งปี และต้องให้เวลาทำกิจกรรมต่างๆ อย่างต่อเนื่อง
ลักษณะการผสมผสานในระบบเกษตร สามารถทำได้ดังนี้
-การปลูกพืชแบบผสมผสาน โดยอาศัยหลักการความสัมพันธ์ระหว่างพืช สิ่งมีชีวิต และจุลินทรีย์ต่างๆ ที่เกิดขึ้นในระบบนิเวศน์ตามธรรมชาติ นำมาจัดการและปรับใช้ในระบบการเกษตร เช่น การปลูกพริกไทยร่วมกับมะพร้าว การปลูกตาลโตนดในนาข้าว การปลูกระกำในสวนยาง การปลูกพืชไร่ผสมกับถั่ว การปลูกทุเรียนร่วมกับสะตอ โดยที่ยิ่งมีความหลากหลายของพืชปลูกมากเท่าใด ก็จะสามารถเพิ่มมั่นคงให้กับระบบมากขึ้นเท่านั้น
-การผสมผสานการเลี้ยงสัตว์ โดยการผสมผสานระหว่างสัตว์ สัตว์ชนิดหนึ่งจะมีความสัมพันธ์กับสัตว์อีกชนิดหนึ่ง เช่น การเลี้ยงหมูควบคู่กับปลา การเลี้ยงปลาแบบผสมผสาน การเลี้ยงเป็ดหรือไก่ร่วมกับปลา
-การปลูกพืชผสมผสานกับการเลี้ยงสัตว์ เป็นรูปแบบการเกษตรที่สอดคล้องกับ สมดุลของแร่ธาตุ พลังงาน และมีการเกื้อกูลประโยชน์ระหว่างกิจกรรมการผลิตต่างๆ มากขึ้น ใกล้เคียงกับระบบนิเวศตามธรรมชาติมากขึ้น เช่น การเลี้ยงปลาในนาข้าว การเลี้ยงเป็ดในนาข้าว การเลี้ยงหมูและปลูกผัก การเลี้ยงสัตว์และปลูกพืชไร่
ต่างจาก “ไร่นาสวนผสม” อย่างไร ไร่นาสวนผสม เป็นระบบการเกษตรที่มีเป้าหมาย เพื่อการยังชีพ หรือเพื่อลดความเสี่ยงจากราคาผลผลิตที่ไม่แน่นอนเป็นหลัก มีการปลูกพืชและเลี้ยงสัตว์หลายๆ อย่างรวมอยู่ในพื้นที่เดียวกันสำหรับใช้บริโภคในครอบครัว แต่มิได้ดีการให้กิจกรรมการผลิตผสมผสานเกื้อกูลกัน เพื่อลดต้นทุนการผลิต และใช้ประโยชน์จากทรัพยากรอย่างสูงสุดเหมือนการเกษตรแบบผสมผสาน ไร่นาสวนผสม อาจมีกลไกการเกื้อกูลกันจากกิจกรรมการผลิตได้บ้าง แต่ก็เพียงเล็กน้อย และเป็นกลไกที่เกิดเอง
การเกษตรแบบผสมผสาน เป็นการจัดระบบของกิจกรรมการผลิตในไร่นา ได้แก่ พืช สัตว์ ประมง ให้มีการผสมผสานอย่างต่อเนื่อง และเกื้อกูลในการผลิตซึ่งกันและกัน โดยการใช้ทรัพยากรที่มีอยู่ในไร่นา เช่น ดิน น้ำ แสงแดด อย่างเหมาะสม เกิดประโยชน์สูงสุด มีความสมดุลของสภาพแวดล้อมอย่างต่อเนื่อง และเกิดผลในการเพิ่มพูนความอุดมสมบูรณ์ของทรัพยากรธรรมชาติด้วย